从严格意义上来说，六堡茶应分为“传统工艺六堡茶”和“现代工艺六堡茶”。“传统工艺六堡茶”也称古法六堡茶，市场上也叫农家茶、生茶，或原种六堡茶，即用六堡原种为原料，沿用旧时制茶工艺制作而成的六堡茶，由农户或合作社制作。其制作工艺为鲜叶采摘、铁锅杀青、揉捻、闷堆、复揉、干燥。传统炒茶（杀青）是用铁锅的，不借助机器；闷堆与渥堆不同，闷堆是利用揉捻后茶叶自身带有的水分，让茶叶轻微发酵。在干燥环节，传统工艺一般用小火焙干，有一种专门供烘焙茶叶用的烘焙器具，叫做“七星灶”。干燥后的六堡茶，被茶农悬挂于灶台上或存放于木板阁楼上，防潮储存，自然陈化。“现代工艺六堡茶”直接称为六堡茶或厂家茶，即使用冷水渥堆发酵工艺，大规模批量生产的六堡茶。市场上也叫熟茶或厂茶，由企业生产，以广西区内的大叶种、桂青种和六堡群体种为原料，经过分级筛选、拼配、渥堆、蒸压入箩、陈化等一系列精加工工序完成，其工艺产生于上世纪60年代末70年代初。六堡厂茶的性质为熟茶，由梧州茶厂开创，其核心环节有两个：一是渥堆发酵技术。即“将干毛茶按照一定的比例均匀洒水，起堆并用帆布遮盖，让其在湿热作用下自然发酵。在渥堆发酵的过程中，必须严密监控，防止温度过高，适时进行翻堆散热或补水处理。一般渥堆时间为10~15小时。冷水渥堆即利用洒水、堆积茶叶，营造茶堆内外不同温湿度条件，在湿热作用、酶促作用和微生物的共同作用下，进一步促进多酚类物质、糖类物质及芳香类物质的转化，使茶叶色泽黑褐，汤色红浓，滋味醇厚，利于茶叶后期转化，发出陈香。通常冷水渥堆发酵时长持续一个月左右；二是晾置陈化。渥堆发酵结束后，一边蒸茶压入竹篓中，一边进行干燥处理。干燥完后，还不能立即品饮，因为此时的六堡茶带有很重的堆味及发酵产生的微酸味。要先放置在阴凉通风的地方，降低温度散发水分，一般要经过6~7个小时，然后进仓堆放，在合适的陈化车间里，陈化的时间越长越好，一般不低于半年，汤色会变得更加红浓，且产生陈味。”现代工艺六堡茶一般按原料级别分类，从特级到六级不等，特级嫩度最高，六级最为粗老。目前市场上所见，从特级到三级茶较多，四级茶较少，五级和六级已经很难见到。
传统工艺六堡茶和新工艺六堡茶在制作工艺、茶汤色泽、口感等方面都存在显著差异。在制作工艺方面，传统工艺包括杀青、揉捻、闷堆、复揉、干燥等步骤，其中闷堆阶段是通过自然发酵，不进行渥堆后发酵；而新工艺是在传统工艺的基础上，增加了筛分、拼配、加水增湿渥堆、蒸压、陈化等步骤。新工艺通过加水增湿渥堆的方式进行发酵，这是与传统工艺的主要区别。在茶汤色泽方面，传统工艺六堡茶茶汤色泽偏浅，主要以浅黄或橙黄为主，这是因为其发酵程度较轻，没有经过渥堆后发酵；而新工艺六堡茶茶汤色泽红浓，主要以橙红色、琥珀色为主，这是因为其经过了渥堆后发酵，发酵程度较重。在口感方面，传统工艺六堡茶口感较为强烈，回甘明显，香气层次丰富，略带苦涩；而新工艺六堡茶口感醇和纯滑，回甘相对不那么迅猛，适口性较好。无论是传统工艺还是新工艺六堡茶，都具有祛湿功能，但新工艺六堡茶通过现代化的工艺改进，其发酵程度相对足一些，茶性温，适合寒性体质的人饮用。饮用后有温中、补虚、祛湿祛寒的作用，其祛湿效果更加显著，也更适合现代人的生活习惯和健康需求；传统工艺六堡茶因为只经过“闷堆”，而没有经过渥堆发酵，所以发酵程度较轻，新茶的茶性凉，饮用后能起到清热、解毒、泻火等功效，所以适合热性体质的的人饮用。传统工艺六堡茶在制作过程中，茶叶中的有益菌大量生长，甚至产生冠突散囊菌，俗称“金花”，这种菌含有丰富的多种营养素，具有降脂降压、调节糖类代谢等功效。经过长期陈化，其茶性也可以转温，此时对胃产生刺激的物质已经大部分氧化，因此非常适合肠胃较差或者有胃寒的人饮用。六堡茶的冲泡方法也有一定的讲究，包括投茶量、水温、注水量等，以确保茶香的充分释放和口感的最佳体验。
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